เขื่อนหลายแห่งในลุ่มแม่น้ำแยงซีใช้ในการควบคุมน้ำท่วม โดยเขื่อนที่ใหญ่ที่สุดและสำคัญที่สุดก็คือเขื่อนซานเสียต้าป้า หรือเขื่อนสามผา (三峡大坝) ที่มีพื้นที่รับน้ำประมาณ 1,000,000 ตารางกิโลเมตร (390,000 ตารางไมล์) ซึ่งถูกสร้างขึ้นไม่เพียงแต่สำหรับการผลิตไฟฟ้าแต่ยังใช้สำหรับการควบคุมน้ำท่วม โดยเมื่อปลายเดือนมิถุนายน 2563 ได้มีการเริ่มปล่อยน้ำในเขื่อนออกมา[18] ในขณะที่กรมอุตุนิยมวิทยาจีน ระบุว่าการปล่อยน้ำเริ่มในวันที่ 29 มิถุนายน แต่ภาพถ่ายจากดาวเทียมแสดงให้เห็นว่าประตูระบายน้ำถูกเปิดขึ้นก่อนหน้านั้นห้าวัน[19] อี๋ชาง (宜昌) ซึ่งเป็นเมืองที่อยู่ใต้เขื่อน ได้รับผลกระทบจากน้ำท่วมอย่างกว้างขวางทำให้เกิดคำถามเกี่ยวกับประสิทธิภาพของการควบคุมน้ำท่วมโดยเขื่อน[20] มีความกังวลว่านครอู่ฮั่นจะถูกน้ำท่วม[4] บริษัทที่จัดการเขื่อนได้กล่าวว่า เขื่อนได้ "ลดความเร็วและขอบเขตของระดับน้ำได้อย่างมีประสิทธิภาพในตอนกลางและตอนล่างของลุ่มแม่น้ำแยงซี"[21] อย่างไรก็ตามนักวิจารณ์กล่าวว่า เขื่อน "ไม่ได้ทำในสิ่งที่มันถูกออกแบบมา" และไม่สามารถรับมือกับเหตุการณ์รุนแรงได้[21]

มีการรายงานข่าวอย่างกว้างขวางเกี่ยวกับความปลอดภัยของเขื่อนสามผา โดยเฉพาะจากสื่อของกลุ่มการเมืองพันธมิตรรวมกลุ่มสีเขียว (泛綠聯盟; Pan-Green Coalition) ในไต้หวัน[22] รายงานคาดการณ์การวิบัติของเขื่อนเกิดขึ้นเกือบทุกฤดูร้อนในสื่อของไต้หวัน[23] หนังสือพิมพ์ the Global Times (环球时报) ของรัฐบาลจีนปิดกั้นรายงานเหล่านี้ โดยบอกว่าเขื่อนซานเสียต้าป้า นั้นปลอดภัยสำหรับกรณีฝนตกหนักและ "ไม่เสี่ยงต่อการวิบัติ"[24] สื่อต่างประเทศบางแห่งกระตุ้นว่ามี "การบิดเบือน" ในเรื่องของเขื่อนสามผา[25]